آنالیز بیوانفورماتیک کرونا، مطالعه جهش و سرعت تغییرات ویروس - وبلاگ هیمالیا

به گزارش وبلاگ هیمالیا، دکتر محمود تولایی استاد ژنتیک و از محققان در زمینه توالی یابی ویروس کرونا در مصاحبه با خبرنگاران اظهار کرد: حدود دو سوم بیماران اولیه ای که در ووهان چین به کرونا مبتلا شدند از یک بازار حیوانات خرید نموده بودند. بازاری که در آن علاوه بر حیوانات دریایی بیش از 100 نوع حیوان دیگر هم از جمله خفاش، پنگولین، روباه، سگ، خوک و حتی طیور فروخته می شده است.

وی اضافه نمود: با توجه به اطلاعات ژنتیکی منتشر شده، ویروس کرونای 2019 یا مستقیماً از خفاش و یا به وسیله یک واسط حیوانی دیگر، به انسان منتقل شده است. بعد از شروع بیماری این بازار خیلی سریع بسته شد و نمونه گیری های صورت گرفته از بیش از 500 نقطه بازار نشان داد که بیش از 30 نمونه حاوی ویروس کرونای 2019 به دست آمد و این نشان می داد ویروس کاملاً در بازار پخش شده بوده است.

تولایی خاطر نشان کرد: ممکن است یکی از کارکنان فروشگاه قبلاً از شخص دیگری ویروس را گرفته و بعد به همکاران و در نهایت مشتریان پخش نموده باشد. پس از چین، به مرور کشورهای دیگر نیز با این رخداد روبرو و اقدامات پیشگیری و درمانی شروع شد.

رئیس انجمن ژنتیک گفت: وقتی جامعه با یک عامل نوپدید که سابقه آن وجود نداشته روبرو می گردد ضروری است که بسیاری از روش های مختلف برای درمان و سپس تشخیص را مورد آنالیز و ارزیابی قرار دهد؛ در این فرایند محتمل است که بیماری با بیماری های دیگر اشتباه گرفته گردد یا روش های پاسخگویی به درمان با استفاده از داروهای مختلف سایر بیماری ها درست نباشد.

تولایی اضافه نمود: زمانیکه محققان به تفاوت های پاسخ به درمان و تغییر شرایط بالینی بیمار پی می برند کوشش می نمایند تا با توالی یابی ژنوم ویروس گام هایی در راستای درمان و تشخیص بهتر بردارند.

دسترسی به ویژگی های ویروس از ابتدای شیوع

وی اضافه نمود: طبیعتاً با شروع اپیدمی کووید 19 در جهان، جامعه علمی فعالیت ها و تحقیقات خود را شروع کردند و در گام اول راستا درمانی این بیماری مورد آنالیز قرار گرفته تا نیازها را پاسخ بدهد.

استاد ژنتیک با بیان اینکه ما در ابتدای کار بر اساس ژنوتایپی و توالی یابی ژنوم کووید 19 به بعضی ویژگی های ویروس کرونا دست پیدا کردیم که آن را در اختیار تیم هایی برای فراوری دارو و واکسن قرار دادیم، گفت: طبیعتاً در سراسر جهان این فعالیت صورت گرفته و در کشورهای گوناگون حاصل توالی یابی خودشان را در قالب مقالات منتشر نموده اند.

وی ادامه داد: بر اساس ژنوتایپینگ و توالی یابی ویروس در کشورهای مختلف، می توانند بفهمند که ویروسی که در کشورشان در حال انتشار است با ویروس اولیه در ووهان، امریکا، اروپا و … در توالی ژنتیکی مشابه است یا دچار تغییراتی شده است.

به گفته تولایی، بنابراین کشف و آشکارسازی ژنوم عامل مهاجم، یک اصل در همه کشورهاست که محققان ایرانی هم از این موضوع غافل نبودند و همزمان با شیوع کرونا و ارائه خدمت تشخیصی، جلساتی برای شناخت بهتر ویروس برگزار کردند و اکنون نیز در حال مطالعه هستند.

وی ادامه داد: به واسطه تحقیقات درصدد هستیم به صورت معنا داری، تفاوت رفتار ویروس در بدن افراد فوت شده و بهبودیافته را شناسایی کنیم. اکنون با تیمی از محققان، ژنوم بخش گیرنده ویروسی در بدن تعدادی از فوتی های ناشی از کرونا را با تعدادی از بهبودیافته نسبی مقایسه نموده ایم.

آنالیز های بیوانفورماتیکی در ساختار ویروس کرونا در کشور

رئیس انجمن ژنتیک توضیح داد: یک بخش دیگری که کارهای مهم که در حال اجرا است آنالیز های بیوانفورماتیکی روی ساختار ویروس کرونای جدید است که با مطالعه سرعت تغییرات و جهش در ویروس ارتباط دارد.

وی با تاکید براینکه در آنالیز های بیوانفورماتیکی با ردیابی ویروس از نظر فیلوژنتیکی، می توانیم ببینیم که ویروس موجود در کشور، نزدیک به ویروس فعال در کدام کشور است، اضافه نمود: ژنوم کرونای 2019 هشتاد درصد مانند ژنوم ویروس کرونای 2003 است که باعث اپیدمی سارس شد؛ اما مقایسه کرونای 2019 با ویروس کرونا که در حال حاضر در خفاش های همان منطقه هستند شباهت بسیار بالاتری حدود 96 درصد را نشان می دهد form Yunnan Provinci. (Rhinolophus affinis) (Bat-cov -RaTG13 form horseshoe bat)). به همین دلیل تقریباً مطمئن هستیم که خفاش های خاص منبع اصلی و اولیه ویروس کرونای 2019 هستند.

وی گفت: ویروس های کرونای 2019 و کرونای 2003 از پروتئین خاصی که روی سطح شان دارند استفاده می نمایند تا سلول های انسان را آلوده نمایند. اسم این پروتئین spike یا S است. پروتئین S به یک پروتئین روی سطح سلول های انسان می چسبد و از این طریق انسان را آلوده می نماید.

تولایی با بیان اینکه نام این پروتئین هم ACE2 است، گفت: اتصال ای سی ای 2 و S به وسیله 6 نقطه کلیدی (امینو اسید) روی S انجام می گردد. مطالعه ژنوم کرونای 2019 نشان می دهد که فقط یکی از این 6 امینو اسید مانند 6 امینواسید کلیدی در کرونای 2003 است. این نشان می دهد که محل اتصال S با ای سی ای 2 در کرونای 2003 و کرونای 2019 کاملاً متفاوت است. به زبان ساده تر S در کرونای 2019 در مقایسه با کرونای 2003 از زاویه دیگری به ای سی ای 2 می چسبد.

استاد ژنتیک اضافه نمود: مقایسه ژنوم کرونای 2019 با ژنوم ویروس کرونا که در حال حاضر در خفاش ها هستند (Bat-CoV -RaTG13) نشان می دهد که 4 تا از این 6 امینو اسیدهای کلیدی عیناً مثل هم هستند. جالب تر آنکه وقتی ژنوم کرونایی که به تازگی پنگولین ها را آلوده نموده بود آنالیز می کنیم مشاهده می کنیم هر 6 امینو اسید کلیدی عیناً مثل همان امینواسیدهای کرونای 2019 هستند. برای همین تصور می گردد که پنگولین احتمالاً همان حیوان واسطی بوده که کرونا را به انسان منتقل نموده است.